La Tour de l’Horloge de Jaca est un des bâtiments les plus remarquables du vieux quartier de la ville. C’est un exemplaire intéressant du gothique civil, qui fut construit en 1445 comme partie d'une résidence particulière sur le même terrain où fut bâti le palais du monarque aragonais, détruit par le feu en 1395. Ce fut aussi le siège du Merino (représentant du roi au Moyen-Âge), tour de la Prison, et depuis 1986 c’est le siège de la Communauté de Travail des Pyrénées.

La tour originale, conçue par Jorge Lasieso, fut bâtie en 1445 comme solution provisoire à la destruction de la Cathédrale et de ses dépendances de prison ecclésiastiques à cause d'un effroyable incendie. Son éventuelle utilisation comme prison a duré peu de temps. Après la reconstruction des espaces de la Seo endommagés par le feu, elle a été transformée en Tour du Merino. En 1599, le conseil de Jaca l'a achetée pour 500 ducados pour la transformer en prison royale. Le document d’achat certifie qu’il l’achète « franca y quieta » (au comptant).

Cette année-là la Mairie de Jaca a pris la décision d’installer une nouvelle horloge pour cesser de dépendre de l’horaire régi par la Cathédrale. Cette décision se matérialisa par l’installation d’une « horloge civile » en haut de la tour, située sur la place que l'on connaît aujourd'hui comme Plaza del Marqués de la Cadena. C’est le fondeur de cloches de Broto, Bartolomé de la Rosada, qui a réalisé les trois cloches, travail pour lequel on sait qu’il a gagné 500 sueldos. Le béarnais Bernat de Lasala a touché 3000 sueldos pour la réalisation du caisson et les tailleurs de pierre Pedro Gil et Urbano de San Vicente se chargèrent de construire le chapiteau qui devrait soutenir les cloches.

La tour a gardé cet aspect pendant des siècles. Même lors de la Guerre de l'Indépendance elle a réussi à sortir indemne des attaques des français. Le Général Espoz y Mina a écrit le 5 décembre 1813 : « Jaca a seulement un édifice sain et sauf... celui de la prison ». Pendant la Guerre Civile, elle fut utilisée par les insurgés comme prison, ensuite elle cessa d’être utilisée comme prison et resta vide. Dans les années 60 du siècle dernier, le chapiteau fut éliminé puis elle est restée dans l’état actuel. Dans les années 80 elle fut soumise à une grande réhabilitation pour se convertir en siège de la Communauté de Travail des Pyrénées.