Sur le terrain où avait été édifiée au XVIº siècle, l’Église de San Martín de Embún, il existait un temple roman duquel il ne reste qu'une dépendance de l’église actuelle et connue comme « cárcel » (prison) Au XVIº siècle elle a subie une profonde réforme de l'intérieur. C’est de cette époque que datent de haut-chœur et la tour clocher.

Des trois nefs structurant l’église, la plus ancienne est la méridionale du côté sud, couverte d’une voûte en berceau. De la grande réforme du XVIº siècke, sont conservés les départs d'une croisée d'ogives dans le presbytère. La nef Nord date du XVIIIº siècle, elle communique avec la nef centrale par des arcs en retrait reposant sur un pilier.

La façade, protégée par un portego, s’ouvre aux pieds de l’église. Sa structure a été influencée par le modèle utilisé sur la façade du « Palais Coloma », aujourd’hui disparue, de Saragosse. Ce dernier a eu une grande répercussion dans la région et a été reproduit sur d'autres bâtiments emblématiques comme l'Hôtel de Ville de Jaca. Elle est ouverte en arc en plein cintre et flanquée de deux belles colonnes toscanes.

Parmi la décoration intérieure on peut remarquer le retable majeur dédié à San Martín. Il s’agit d’une sculpture de style roman datant du début du XVIIº siècle qui a subi d‘importantes altérations par la suite. À l'origine il était constitué de trois corps mais aujourd’hui il n’en reste que deux.

Les retables du Saint Christ du début du XVIIº siècle ; et celui dédié à Saint François d'Assise, reproduisant sur les côtés deux moulures couronnées par deux bustes féminins de profil (dans la région ils sont connus comme les diablesses d'Embún), ont également un grand intérêt. Le retable de la Vierge du Rosaire, abritant une sculpture du XVIº siècle, date du XVIIº siècle. On peut également remarquer le retable de style rococo de San Miguel, datant de la deuxième moitié du XVIIIº siècle.