La primitiva iglesia parroquial de Santa Eulalia de Berdún se levantó como una sola nave a finales del siglo XV y comienzos del XVI. De aquella época todavía se conservan dos portadas; una cegada en la zona de los pies y otra abierta en el lado sur. Esta última es de estilo gótico y muestra un arco ligeramente apuntado con arquivoltas que descansan en delgadas columnillas cerradas con capiteles. Es de gran interés también el tímpano realizado con elementos de diversa procedencia. Tallado sobre la piedra aparece la fecha de su creación, 1519, y la firma de su probable autor, Miguel de Betania.

El primer tramo de la iglesia pertenece a la edificación original, junto con el coro elevado, amueblado en 1528, y reformado a mediados del siglo XVII con una bella sillería tallada por el maestro de Sangüesa, Gabriel Goarasa. Está documentado que en el año 1612 el guipuzcoano Juan de Reyzu contrató las obras de la primera fase de remodelación del templo, que supuso una modificación absoluta de su fisonomía. Se respetó el primer tramo pero se derribaron los muros para crear casi a la misma altura otras dos naves laterales.

En aquella profunda reforma se utilizaron elementos propios de la época constructiva, como los arcos artesonados que vuelan entre los pilares y los estribos adosados a los muros externos.

En su interior destaca el retablo mayor, terminado en 1604, que presenta una estructura arquitectónica clasicista perfectamente organizada. Sus esculturas siguen los criterios formales de la escultura romanista navarra, como se evidencia en el Crucificado del presbiterio, en el lado del Evangelio. También es llamativa la rica colección de retablos de los siglos XVII y XVIII conservada en la iglesia.